Jürgen Melzer negli ultimi tre anni ha sofferto diversi problemi fisici subendo anche interventi chirurgici. Decide di abbandonare il sogno di tornare competitivo nel circuito annunciando così il suo ritiro nel torneo ATP 500 di Vienna. Nel professionismo ha conquistato quattro tornei di singolare su undici finali disputate. Vanta anche dodici successi in doppio.
Negli Slam ha raggiunto il 4° turno in tutte e quattro le apparizioni, senza mai superarli, fino al Roland Garros 2010 dove ha raggiunto le semifinali ed è stato sconfitto da Rafael Nadal con un parziale di 6/2 6/3 7/6 (6), ha anche conquistato Wimbledon juniores nel 1999. A Wimbledon 2011 ha trionfato nel doppio misto, assieme a Iveta Benešová (sua attuale moglie) battendo in finale per 6/3 6/2 la coppia formata da Mahesh Bhupathi ed Elena Vesnina. Il suo miglior ranking mondiale in singolare è stato il N°8, in doppio invece il N°6 il suo miglior piazzamento.